На фермах, благополучных по инфекционным заболеваниям животных, навоз можно использовать на полях без дополнительной обработки. Практически, перед тем как вывозить навоз па поля, его весь подвергают обработке. Во всех случаях она должна проводиться с обязательным соблюдением гигиенических требований, направленных на предупреждение загрязнения и инфицирования окружающей среды.
На разных фермах и комплексах предусматриваются различные схемы технологической обработки навоза: обезвоживание, внесение различных добавок, очистка жижи и т. д.
Жидкую часть навоза после ее отделения от общей массы подвергают различной степени обработки или используют в необработанном виде, в зависимости от целевого назначения. Например, если нужно использовать жидкую часть навоза в качестве оборотной воды, ее осветляют, дезодорируют, а в ряде случаев и обеззараживают. На комплексах, но располагающих сельскохозяйственными угодьями, должна быть предусмотрена глубокая очистка жидкой фракции до степени, позволяющей вести сброс очищенной жидкости в открытый водоем.
Практика показала, что глубокая очистка животноводческих стоков из-за высокой стоимости не всегда эффективна и зачастую связана с потерями из навоза питательных веществ для растений и с загрязнением водоемов. Значительно проще и дешевле использовать все компоненты навоза в качестве органического удобрения на сельскохозяйственных угодьях.
Технология обработки навоза должна исключать загрязнение и инфицирование окружающей среды, транспортных средств и помещений. Для предупреждения накопления вредных газов выше критических норм в помещениях, где осуществляют обработку навоза, предусматривают не менее чем пятикратный воздухообмен в течение часа.
На современном техническом уровне в помещениях для содержания животных можно получать такой навоз, для которого не нужна дальнейшая обработка. Однако в ряде случаев бывает полезно провести добавочную обработку навоза за пределами животноводческих ферм, которая улучшит его санитарные или агротехнические качества.